分类图-定义，特征，部分，例子(vs系统图)

划分定义

划分图是不同生物组之间假设关系（系统发育关系）的图形表示。它用于生物的系统发育分析，以确定它们之间的进化关系。

族族衍生自希腊词Clados和Gramma，其中'clados'是指分支和'gramma'意味着人物。它是系统发育分析的未扫描表示，其中图表的形貌很重要。但是，它没有任何时间轴，而是概括了不同生物体中字符模式的简单图。虽然搭扣包括假设的祖先来导出关系，但它是进一步分析的起点。

划分图的特征

• 由闸门分析产生的树木是关系的相对陈述，并不表示祖先或后代。例如，它假设鸟类和哺乳动物是相关的，而不是从鸟类演变或从哺乳动物演变的哺乳动物而不是那种哺乳动物。
• 在划分图中，分支长度与进化变化的数量没有成比例，因此没有任何系统发育意义。
• 划分的外部分类图整齐地排成一排或列。
• 通过分析生物体和DNA或RNA测序数据的形态特征来产生划分。然而，最近，计算系统发育学也用于现有字符的组合用于产生划分器。
• 分支图是制备系统发生树的假设。
• 尽管分支图有不同的形状，但它们都是由线组成的，这些线从其他线分支出来，代表着不同生物假设的祖先。

划分图的部分

划分图是由以下部分组成的图：

图像来源：Bioninja.．

根

• 根部是跨线中所有生物体的初始常见祖先。
• 根是任何给定分支图的起点。然而，这个根也可能表明它来自其他更大的分支。

节点

• 每个节点都是一个假设的祖先，引起了两个或更多女儿分类群。
• 结点表示所有枝状图中分叉的分叉点。
• 因此，一个节点存在于每一个点，在那里一组生物分成或分离成进一步不同的组。

演化支

• 片状是一群生物体或基因组，包括所有成员的最近共同的祖先和最近的常见祖先的所有后代。
• 思工由祖先和所有后代组成。
• 它包括特定节点和所有连接的分支。

分类/小组

• 分类群或小组是最遥远相关的动物组，这不一定是思工。
• 这函数作为其余划分的参考点或比较。

分支机构

• 划分图中的一个分支是连接界面的所有其他部分的线。
• 某些情况下的分支长度代表了不同分类群之间的发散程度或关系的程度。

如何制作搭扣？（构建划分图）

• 如前所述，可以根据形态学特征或DNA、RNA或蛋白质测序等分子证据生成分支图。
• 因此，根据在枝图中使用的字符，这些字符可以用两种不同的方式来制作:

A.使用形态/结构性

步骤1:确定要使用的已定义字符

• 系统发育分析的第一步是确定角色是否是衍生的或原始（先天）。
• 在这种情况下，应选择不受环境因素影响的字符。
• 除群比较方法是用于构建划分器或其他树木的主要方法。
• 在外围集团方法中,一个角色选择一个生物体的生物不是动物群体的成员分类,但所选字符的一些有机体一样,那么这样的一个角色可以被用作定义的角色。
• 在这里，外部生物被称为小组，所分类的生物是INGROUP。
• 现在，在该组中，选择其他字符以进一步将生物分离。

人物	鲨鱼	牛蛙	袋鼠	人类
椎骨	X	X	X	X
两对四肢		X	X	X
乳腺			X	X
胎盘				X

• 在这里，最不常见的字符代表外群。在上面的表格中，Shark是外群体。

第二步:根据共有的特征对生物体进行分类

• 为了分组生物体，可以在开发包层之前构建VENN图。
• 在维恩图中，从所有组中常见的字符开始，把它放在外面。

图像来源：http://www.bu.edu/gk12/eric/cladogram.pdf.

• 现在，把维恩图转换成分支图。

图像来源：http://www.bu.edu/gk12/eric/cladogram.pdf.

B.利用分子特征

步骤1:选择在所选生物体中常见的分子证据

• 使用分子证据的系统发育结构的第一步是决定是否使用DNA序列或蛋白质序列。
• 在大多数情况下，蛋白质序列更可取。
• 然而，为了研究非常近期的演化，DNA是选择的标志。
• 在许多生物体中常见的蛋白质有血红蛋白和细胞色素c。

步骤2：收集并运行多个序列比对，以比较所选每种生物的分子序列（DNA或氨基酸）

• 多个序列对准软件如环ωAMEGA可用于对准多个DNA或氨基酸序列以确定相似性和异化。
• 与远处相关的生物相比，密切相关的生物将在序列中具有更高程度的相似性。

步骤3:从获得的多序列比对数据中生成分支图

• 下一步是选择一个适当的替代模型，其通过考虑多个序列对准的结果，通过考虑有机体之间的关系估计。
• 常用的核苷酸替代模型是Jukes-Cantor和Kimura模型。
• 常用的氨基酸替代模型有PAM和JTT模型。

如何阅读搭扣？（解读划分图）

• 即使划分图没有提供对不同生物之间关系的完整解释，它也是如此，它确实在建立关系时给出了基本曲线。
• 为了解释包层，让我们考虑以下划分图的例子。

图像来源：http://www.bu.edu/gk12/eric/cladogram.pdf.

• 在上述薄膜中，研究了四种系统发育特性。
• 这代表了人和袋鼠比人类和牛蛙更密切相关。
• 这种关系的程度不能通过该界面确定，因为它是一个未划分的图表。
• 线的方向和动物的顺序也无关紧要。
• 同样地，在谱系图中，当我们往右边移动时，生物体之间的联系变得更少了。鲨鱼和人类的关系远比牛头犬和人类的关系远。
• 对所有钢皮的特征，生物体的祖先是假设的，因此没有表明。
• 在上图中，鲨鱼是小组，而人类和袋鼠形成了思想家。

不同风格的划分图

• 根据树枝的形状和方向，树枝图有不同的风格。
• 然而，因为包层是系统发育分析，形状，长度和分支的方向的未划算表示无关紧要。
• 下面是一些画法的风格:

• 在两个给定的图中，研究了两种系统发育特征，并表示三种生物之间的关系。

克拉科图示例

• 克拉科尔可用于基于一些特定的共享特征来区分不同的生物体。
• 以下是一些可以根据生物的形态特征将其进一步区分为不同类群的分支图的例子:

灵长类动物的划分

图：灵长类动物的划分。图像来源：生物学词典．

• 最初可以基于某些特定字符分为单独的分类群。
• 在上面的划分器中，向狐猴和流浪者的分支被认为是剩余的植入物的小组。
• 狐猴和Lorises还形成一个具有公共节点的单独的疏水板。
• 包层内的内部节点存在于不同组之间的假设祖先。
• 同样，彼此彼此越近，彼此越密切相关。

脊椎动物的划分

图:脊椎动物的分支图。

• 脊椎动物还可以根据不同的特征进一步分为不同的类群。
• 在这些特征中，上述分支图代表了脊椎动物以腹外侧肌层为基础的分化。
• 在给定的划分器中，所有组共享至少两个肌肉层的常见。
• 当我们进一步向顶部移动时，基于腹侧体壁上的四层的存在分离出分类群。
• 在这里，硬骨鱼形成外群，而其余的类群则留在内群。
• 同样地，鳄鱼和鸟类形成了一个与最常见的祖先的思考。
• 在所有其他的分支图中，分支图中的生物越接近，它们的形态特征就越接近。

Cladograms视频讲座(Bozeman Science)

克拉科尔与系统发育树（Phylograph）

• 分类图和系统发生树都是系统发生分析的图示。
• 这两者都提供了不同的生物组之间的关系。
• 包层和系统发育树中使用的字符是相同的并且涉及类似的结构过程。
• 然而，划分器通常被认为是朝向系统发育树构建的初始步骤。

跨图和系统发育树（Phylograph）之间的差异

特征	划分	系统发育树（Phylograph）
自然	克拉科尔主要是简单的，可用于有机体的一般分类。	系统发育树是更复杂的，主要用于确定不同组织之间的进化关系。
表示	划分图不代表有机体的不同组之间的进化关系，因此不是进化树。	系统发生树是一种进化树，显示了不同动物群体之间的进化关系。
采用	克拉科图给出了生物体实际进化史的假设图片。	系统发育树是有机体进化史的实际代表。
分支的长度	包层中的所有分支具有相同的长度，因为它们不表示不同组之间的任何进化距离。	系统发育树中的分支通常具有不同的长度，因为它们代表了组之间的进化距离。
进化的时间	在一个分支图中对生物体的分离完全是基于所定义的特征。因此，距离并不代表群体的进化时间。	系统发育树表示基于组之间的距离的进化持续时间和分支的相对发散时间。
外部分类群的位置	划分的外部分类图整齐地排成一排或列。	系统发育树的外部分类群可能或可能不会连续排队或列。

参考

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来源

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