PCR类型（聚合酶链反应）-定义和用途

PCR类型列表

1. 扩增片段长度多态性(AFLP) PCR
2. Allele-specific PCR
3. ALU PCR.
4. 组装聚合酶链反应
5. 不对称PCR
6. 冷PCR.
7. 菌落PCR
8. 常规PCR
9. 数字PCR (dPCR)
10. 快速循环PCR
11. 高保真PCR
12. 高分辨率熔融（HRM）PCR
13. 热启动PCR
14. 原位聚合酶链反应
15. Intersequence-specific PCR (ISSR)
16. 反向聚合酶链反应
17. LATE(指数后线性)PCR
18. Ligation-mediated PCR
19. 远程PCR
20. 甲基化特异性PCR（MSP）
21. Miniprimer PCR
22. 复合pcr
23. Nanoparticle-Assisted PCR (nanoPCR)
24. 嵌套PCR.
25. 重叠延伸PCR
26. 实时荧光定量PCR (quantitative PCR or qPCR)
27. 重复序列的PCR
28. 逆转录酶(rt - pcr)
29. 逆转录酶实时PCR (RT-qPCR)
30. RNase h -依赖PCR (rhPCR)
31. 单细胞PCR
32. 单特异性引物pcr (SSP-PCR)
33. 固相PCR
34. 自杀PCR.
35. 热不对称交错PCR (TAIL-PCR)
36. 着陆（TD）PCR
37. 可变数量串联重复序列(VNTR) PCR

1.扩增片段长度多态性(AFLP) PCR

• 它是一个聚合酶链反应-一种基于DNA的技术，利用选择性扩增一段消化后的DNA片段为感兴趣的基因组生成独特的指纹。
• 这种技术可以在不事先知道基因组序列的情况下，快速生成任何生物体的大量标记片段。
• AFLP PCR使用限制酶来消化基因组DNA，并允许将适配器连接到片段的粘性端。
• 然后选择限制片段的一部分通过使用与适配器序列互补的引物来扩增。
• 分离出扩增的序列并在琼脂糖凝胶电泳上的变性上进行性能。
• AFLP PCR用于多种应用，如评估物种内部或密切相关物种之间的遗传多样性，推断居群水平的系统发育和生物地理格局，生成遗传图谱，确定品种间的亲缘关系。

2.特定等位基因特异性PCR

• 等位基因特异性聚合酶链反应(AS-PCR)是一种基于等位基因特异性引物的分析单核苷酸多态性的技术。
• 这allele-specific PCR也称为（扩增耐火突变体系）Arms-PCR对应于使用两种不同的等位基因的两种不同引物。
• 一个是突变体的引物组，其是耐火（抗性）到正常PCR，而另一个是在正常组引物，它们是耐火的突变体PCR反应。
• 修饰这些引物的3'末端，使得一组引物可以扩增正常等位基因，而其他引物可以扩增突变等位基因。
• 该不匹配允许引物扩增单个等位基因。
• 广泛应用于镰状细胞性贫血、地中海贫血等单基因点突变检测。
• 它也用于直接测定ABO血型基因型。

3. Alu PCR.

• Alu PCR是一种基于Alu重复元件包围的基因组位点同时分析的快速简便的DNA指纹技术。
• alu元素是延伸的DNA最初，其特征在于节细菌属危害(Alu)限制性内切核酸酶。
• ALU元素是最丰富的转移元素之一，在整个人类基因组中发现，它们在演化中发挥作用，并被用作遗传标记
• 在Alu PCR中，使用与这些序列互补的两种荧光染料标记的引物进行PCR，然后分析PCR产物
• Alu插入已用于几种遗传遗传的人类疾病和各种形式的癌症。因此，该PCR在检测这些疾病和突变中起重要作用。

4.大会PCR.

• 组装PCR是一种从多个较短片段组装大DNA寡核苷酸的方法。
• 在PCR中，所用寡核苷酸的尺寸为18个碱基对，而在组装中，高达50bp的PCR长度用于确保正确的杂交。
• 在PCR循环中，寡核苷酸与互补片段结合，然后被聚合酶填充。
• 因此，该PCR的每个周期都随机增加不同片段的长度，这取决于哪个寡核苷酸找到彼此。
• 组装PCR用于改善所需蛋白质的产率，并且还可用于产生大量RNA用于结构或生物化学研究。

5.不对称PCR

• 不对称PCR是PCR的一种变体，用于优先扩增原始DNA的一条链而不是另一条。
• 不对称PCR通过用于所选链的过量的引物与常规PCR不同。
• 随着不对称PCR的进展，低浓度限制性引物定量地并入新合成的双链DNA中并耗尽。
• 因此，在耗尽限制性引物后，从过量引物中线性合成靶向单链DNA。
• 当只需要扩增两条互补链中的一条时，例如在测序和杂交探查中，它是有用的。

6.冷PCR.

• 较低的变性温度基聚合酶链反应（冷PCR）是一种新型PCR，可食性地扩增来自野生型和含突变体的含有突变体（或含有变体）序列的混合物的低丰度DNA变体突变类型或扩增子上的位置。
• 这种方法是基于突变DNA比野生型优先熔化的临界温度的修改。
• 变性后有一个中间退火过程，允许野生型和突变等位基因杂交。这种不匹配稍微改变了ds DNA的熔化温度。
• 这些异质双偶体将熔化并用作模板。因此，更大比例的微小变异DNA将被扩增，并可用于后续的PCR。
• PCR在检测肿瘤试样中的突变中起着至关重要的作用，尤其是在异质肿瘤中以及体液中。
• 该PCR还有助于在手术或化疗后的残留疾病评估残留疾病和疾病分期和分子分析，用于预后或定制对个体患者的治疗。

7.菌落PCR

• 菌落PCR是一种方法，其中通过设计插入的DNA特异性引物来获得插入质粒中的感兴趣的DNA的鉴定。
• 含有质粒的细菌菌落可以使用两组引物直接扩增。
• 第一组是插入特异性引物，用于扩增插入序列，另一组是载体特异性侧翼引物，用于扩增质粒DNA而不是插入的DNA。
• 取细菌菌落并直接添加到含有所有其他PCR试剂的主混合物中。
• 菌落PCR的主要应用是鉴定插入的DNA与细菌和酵母质粒的正确连接和插入。

8.常规PCR.

• 聚合酶链反应（PCR）是一种用于DNA复制的试管系统，它允许“目标”DNA序列在几小时内选择性扩增数百万倍。
• PCR能够使用DNA聚合酶合成特定的DNA片段，该酶参与细胞遗传物质的复制。
• 该酶合成DNA的互补序列，因为小片段（引物）连接到所选择的特定位点中的DNA链中的一种，以开始合成。
• 引物限制了序列的复制，结果就是一个特定的DNA序列扩增出数十亿个副本。
• 常规PCR应用于选择性DNA分离，扩增和定量DNA，医疗和诊断方法，传染病诊断，法医研究和研究领域。

9. Digital PCR（DPCR）

• 数字PCR (dPCR)是一种定量PCR技术，为检测样品中DNA或RNA的含量提供了一种灵敏、有效的方法。
• 对于dPCR，在放大步骤之前，将初始样品混合物分成大量单独的井，导致每个井中存在或不存在目标序列。
• 基于在扩增的反应孔中存在或不存在荧光，完成原始样品中存在的绝对靶数的计算。
• 有荧光信号的井被认为是阳性的，标记为“1”，而没有这种信号的井被认为是阴性的，标记为“0”。
• 然后通过泊松统计分析确定初始样品中目标序列的浓度。
• DPCR用于确定各种临床标本中DNA和RNA病毒，细菌和寄生虫的总数，主要是当不可用良好校准的标准时。

10.快速循环PCR

• 快速循环PCR是一种基于聚合酶链反应的技术，可以在显著缩短循环时间的情况下扩增特定的PCR产物。
• 该过程中的原理与常规PCR相同，唯一的差异是放大时间。
• 在该PCR中使用的缓冲剂增加了Taq DNA聚合酶对于短的单链DNA片段的亲和力，从而减少了成功底漆退火到仅5秒的成功引物所需的时间。
• 快速循环PCR对于需要快速循环的过程是必不可少的，并且还有助于疾病和突变的快速诊断。

11.高保真PCR

• 高保真PCR是一种改变PCR方法，其利用低误差率的DNA聚合酶，并在感兴趣的DNA的复制中产生高精度。
• 这种酶在扩增过程中对正确的核苷三磷酸具有显著的结合亲和力。
• 在聚合酶活性位点结合错误的情况下，由于活性位点复合物的结构，合并会减慢。
• HIGHFIDELITY扩增对于实验至关重要，其结果取决于正确的DNA序列如克隆，SNP分析，NGS应用。

12.高分辨率熔融（HRM）PCR

• 它是一种强大的技术，用于检测双链DNA中的突变，多态性和表观遗传差异
  样品。
• 它是大规模性价比的与其他基因分型技术，如测序和塔克曼SNP打字。这使其成为大规模基因分型项目的理想选择。
• 它快速而强大，因此能够快速准确地对大量样本进行基因分型。
• 它是简单的。有了高质量的人力资源管理分析，非遗传学家可以在任何实验室使用人力资源管理功能的实时PCR机进行强大的基因分型。

13.热启动PCR

• 热开始PCRIS一种新型的常规聚合酶链式反应（PCR），其减少了由于在室温下的非特异性DNA扩增而产生的不需要的产品和引物二聚体的形成。
• 热启动PCR的基本原理是从反应混合物中分离一种或多种试剂，直到混合物加热达到变性温度。
• 热启动PCR显著降低了非特异性结合和引物二聚体的形成，通常会增加产物的产量。它还需要更少的努力，并降低污染的风险。

14.原位聚合酶链反应

• 原位聚合酶链反应（原位PCR）是一种有效的方法，其检测冷冻或石蜡包埋细胞或组织切片中的微小核酸序列的微小核酸序列，用于细胞内的那些序列的分区化。
• 这种方法包括组织固定，保持细胞形态，然后用蛋白水解酶处理，为PCR试剂作用于靶DNA提供入口。
• 靶序列用试剂扩增，然后用标准免疫细胞化学协议检测。
• 原位PCR可用于传染病的诊断、DNA的定量、甚至少量DNA的检测，广泛应用于器官发生和胚胎发生的研究。

15.特定高度（ISS）PCR

• 特异性特异性PCR（或ISSR-PCR）是用于DNA指纹识别的方法，其使用从在基因组中重复的特定段中选择的引物产生独特的指纹。
• 该技术使用微卫星，通常为16-25bp长，作为靶向多个基因组基因座的单引物PCR反应中的引物，以主要放大不同尺寸的SSR间序列。
• ISSR PCR可用于基因组指纹鉴定、遗传多样性和系统发育分析、基因组定位和基因标记。

16.反向聚合酶链反应

• 反聚合酶链反应(逆PCR)是聚合酶链反应的多种变体之一，聚合酶链反应用于扩增只知道一个序列的DNA。
• 常规PCR需要对靶DNA的两个末端互补的引物，但是即使只有一个序列可从中可获得一个序列，逆PCR也可以进行扩增。
• 逆PCR涉及一系列限制性消化，然后是连接，这导致环状片段，然后可以通过已知序列的单个截面进行PCR。
• 然后，像其他聚合酶链反应过程一样，DNA被温度敏感的DNA聚合酶放大。
• 反PCR特别适用于确定各种转座子和逆转录病毒在宿主DNA中的插入位置。

17.晚(Linear-After-The-Exponential) PCR

• LATE (linear - after - the -指数后线性PCR)是对不对称PCR的改进，它使用的限制引物的熔化温度高于多余引物，在反应中限制引物浓度降低时保持反应效率。
• 晚期PCR从常规PCR中的扩增效率类似于指数阶段开始。一旦限制底漆耗尽，反应突然切换到线性放大，并且继续额外的热循环。

18.连接介导PCR

• 连接介导的PCR是一种修饰的常规PCR形式，其最初只有一端，然后通过连接独特的DNA接头加入第二端。
• 结扎介导的PCR利用称为“接头”（或适配器）的小DNA片段，其最初连接到靶DNA的片段。
• 设计的PCR引物结合到连接序列，然后使用扩增目标片段。
• 这种方法用于DNA测序、基因组行走和DNA足迹。

19.远程PCR

• 长程PCR是一种用于扩增较长DNA长度的方法，常规PCR方法或试剂通常不能进行扩增。
• 通过使用具有增强的DNA结合的改性的高效聚合酶可以实现远程PCR，从而高度加工和精确扩增的长片段。
• 该方法允许在较短的时间内扩增更扩展的目标，并有效利用资源。

20.甲基化特异性PCR（MSP）

• 甲基化特异性PCR（MSP）是一种检测和分析CPG岛中DNA甲基化模式的方法。
• 为了进行MSP，DNA被修饰，PCR用两对引物进行，这两对引物分别是可检测的甲基化和非甲基化DNA。
• DNA用亚硫酸氢盐进行处理以将胞嘧啶转化为尿嘧啶，然后用特异性的引物选择性地扩增甲基化序列
• 甲基化模式的检测至关重要，因为启动子中CpG二核苷酸的过度甲基化会抑制基因的表达。

21. MiniPrimer PCR.

• 使用工程化聚合酶和10-核苷酸“微型过边框”的新的PCR方法称为小型聚氯乙烯PCR。
• 发现该方法揭示了没有用标准引物检测的新型16S rRNA基因序列。
• 迷你引物PCR使用一种耐热聚合酶，可以从短引物(9或10个核苷酸)延伸。
• 这种方法允许PCR靶向较小的引物结合区域，并用于扩增高度保守的DNA序列，如16S(或真核生物18S) rRNA基因。

22多重PCR

• 多重PCR是一种常用的分子生物学技术，用于在一次PCR试验中扩增多个靶标。
• 在多重PCR中，多个引物和温度介导的DNA聚合酶用于热循环仪中的DNA的扩增。
• 所有为multipcr设计的引物对都必须进行优化，使所有引物在PCR过程中退火温度相同是最优的。
• 当一次针对多个序列时，可以从单个测试运行中生成附加信息，否则需要更大的试剂和广泛的时间和精力来执行。
• 该技术已应用于基因分型、突变和多态性分析、微卫星STR分析、病原体或转基因生物检测等领域。
• 在诊断实验室，多重PCR用于检测引起相同类型疾病的不同微生物。

23.纳米粒子辅助PCR（Nanopcr）

• 纳米颗粒相关的PCR包括小分子物质，其包含增强反应的特定物理性质。
• 涉及金纳米颗粒的理论之一表示这些颗粒吸附了一些聚合酶并管理其残留在系统中的聚合酶量，这可能是提高反应的特异性。
• 另一种理论解释说，它们吸附引物对，降低了完美配对和错配对引物双链形成时的熔化温度，从而提高了反应的特异性。
• 纳米颗粒相关PCR具有高灵敏度、高特异性和高选择性的优点，在病毒检测和基因测序中得到了广泛的应用。

24巢式PCR

• 巢式PCR是对PCR技术的一种有用的改进，通过使用两套引物防止非特异性结合，提高了反应的特异性。
• 第一组引物在我们的目标DNA外结合并扩增更大的片段，而另一组引物专门在目标位点结合。
• 在第二轮扩增中，第二组引物仅扩增靶DNA。
• 巢式PCR是一种有助于不同病原体系统发育研究和检测的方法。
• 该技术具有较高的灵敏度;因此，即使样品中DNA含量较低，也可以进行扩增，这在传统的PCR技术中是不可行的。

25.重叠扩展PCR（OE-PCR）

• 这种方法也被称为“重叠扩展拼接”或soing。
• 重叠延伸PCR是一种有价值的技术，通常用于克隆大型复杂片段，使克隆基因的编辑或融合两个基因元素。
• 它从较短的DNA片段中生成较长的DNA片段。
• 它用于有效的基因克隆和多个位点定向的大片段插入，删除和更换。
• 它被证明是有用的位点定向突变，创造嵌合分子，甚至克隆大的基因片段拼接在一起的小片段。

26.实时PCR（定量PCR（QPCR））

• 量化PCR（QPCR），也称为实时PCR或定量实时PCR，是基于PCR的技术，其耦合靶DNA序列的扩增，以定量反应中该DNA种类的浓度。
• 常规PCR是一个耗时的过程，PCR产物通过凝胶电泳进行分析。qPCR通过在指数阶段提供产品的实时检测来促进分析。
• 实时荧光PCR的原理取决于荧光染料的使用。
• 使用荧光染料或使用荧光标记的寡核苷酸来定量存在于样品中的核酸的浓度。
• q-PCR用于病原体的基因分型和定量、microRNA分析、癌症检测、微生物负荷检测和转基因生物检测。

27.重复序列的PCR

• 基于重复序列的PCR (rep-PCR)是一种改良的PCR技术，利用引物靶向散布在细菌基因组中的非编码重复序列。
• 这种非编码嵌段可以用作寡核苷酸探针的多种遗传靶标，使得能够产生单个细菌菌株的独特DNA谱或指纹。
• rep-PCR主要应用于不同细菌的分子菌株分型。它也被用于各种病原体的流行病学鉴别。

28.逆转录酶PCR (RT-PCR)

• 逆转录PCR（RT-PCR）是常规PCR的修饰，从而首先将RNA分子转化为可以通过PCR扩增的互补DNA（cDNA）分子。
• 在RT-PCR中，RNA模板首先使用逆转录酶转化为互补DNA (cDNA)。cDNA然后作为模板使用PCR进行指数扩增。
• RT-PCR既可以在单个管中进行，也可以在不同的管中分两步进行。一步法更有效，污染和掺入变化的机会更少。
• RT-PCR用于研究方法，基因插入，遗传疾病诊断和癌症检测。

29.逆转录酶实时PCR（RT-QPCR）

• RT-PCR通常与q-PCR结合，形成逆转录酶实时PCR (RT-qPCR)。
• 这允许在扩增后实时定量DNA。

30.核糖核酸酶H-dependent PCR

• 在RNase h -依赖PCR中，引物在其3 '端包含一个可移动的扩增块。
• 被阻断的引物只能在与互补的靶序列杂交时，根据RNase Henzyme的裂解活性进行扩增。
• RNase H酶在低温下具有很少的酶活性，使得热开始而不对DNA聚合酶进行任何改性。
• 同样，在RNA残基附近存在错配时，酶的裂解效率也会降低。
• 因此，在RNase H酶的活性下，非特异性结合和引物二聚体形成减少，从而实现有效杂交。

31.单一特异性引物PCR

• 单特异性引物pcr (single specific primer-PCR，简称SSP-PCR)是一种基于pcr技术的基因扩增技术，该技术仅能获得部分序列信息。
• 它允许从已知的染色体的未知区域中散步单向基因组。

32.单一特异性引物 - PCR（SSP-PCR）

• 这允许扩增双链DNA，即使序列信息仅在一起可用。
• 这种方法，单一特异性引物- pcr (SSP-PCR)，允许扩增只有部分序列信息的基因，并允许基因组从已知的染色体区域向未知区域单向移动。

33.固相PCR

• 固相PCR（SP-PCR）是一种独特的PCR技术，其允许在固体载体上扩增靶核酸，其中一个或两个引物固定在表面上。
• 引物的空间分离使显著不希望的引物相互作用最小化，从而防止引物二聚体的形成并允许更高的多重扩增。
• 这种新方法的中心思想是将底漆的5′端连接到表面，而不是让底漆在整体溶液中自由扩散。
• 一个自由扩散的DNA靶标可以被捕获在表面，然后被聚合酶复制。
• 复制的DNA仍然附着在表面，而最初的DNA分子在退火步骤后回到溶液中。
• 附加拷贝的自由端与其序列互补的底漆（附着在表面）杂交，扩增过程可以启动。

34.自杀式PCR.

• 自杀式PCR是一种常用的研究方法，其中避免假阳性和确保扩增片段的特异性是最重要的。
• 该方法要求任何引物组合在PCR中只使用一次，不应在任何阳性对照PCR反应中使用。
• 这些引物应该总是针对在使用这一特定引物或任何其他引物之前从未扩增过的基因组区域。
• 这种安排确保了实验室中不存在来自之前PCR反应的污染DNA，否则就会产生假阳性。
• 自杀式PCR用于古遗传学研究，其中包括检查保存下来的遗传物质从古代生物的遗骸。

35.热不对称交错PCR (TAIL-PCR)

• 尾PCR是邻近已知序列附近的DNA片段的强大工具。
• TAIL -PCR利用三个嵌套式引物连续反应，并结合一个任意的熔融温度较低的简并引物，从而对特异性和非特异性产物的相对扩增频率进行热控制。
• 该方法准确度高，可直接对未纯化的TAIL-PCR产物进行测序。
• 它还允许克隆全长功能基因。

36.降落PCR

• Touch Down PCR是对PCR的一种改进，其初始退火温度高于引物的最佳Tm，并在随后的循环中逐渐降低，直到达到Tm温度或“触地温度”。
• 接地PCR在较高温度下增加了反应的特异性，并通过降低退火温度提高了接近终点的效率。

37.可变数量的串联重复（VNTR）PCR

• 它们是法医学中的个体化的重要标志。
• 在VNTR PCR中扩增出的片段在物种内差异不大，但在物种间却存在差异。
• 它可以通过聚合酶链式反应（PCR）从非常少量的基因组脱氧核糖核酸（DNA）中成功扩增。
• 在基因分型工具中，基于pcr的可变数量串联重复序列(VNTR)分析是一种很有前景的分型方法结核病。

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